Geneza kokigami stanowi przedmiot ożywionej dyskusji akademickiej. Jedni twierdzą, że kokigami ma bezpośredni związek ze sztuką  składania papieru - origami, inni zaś uważają, że wywodzi się ze sztuki cięcia - kirigami. Wydaje się jednak, że kokigami wyprzedziło obie te formy sztuki. Dawne japońskie obrazy erotyczne (shunga) wyraźnie pokazują, że sztuka dekorowania penisa papierem była w użyciu już w VIII wieku. W ostatnich czasach znawcy orientalnej kultury osiągnęli konsensus, zgodnie twierdząc, że kokigami prawdopodobnie wyewoluowało z dawnej sztuki japońskiej pakowania - tsutsumi.
Członek pana młodego, jako dar małżeński wymagał szczególnej oprawy i jak każdy prezent był ozdobnie pakowany. W VIII w. japońscy arystokraci w dniu zaślubin owijali penis w jedwabie i wstążki. Praktyka intymnego tsutsumi przekształciła się z czasem w kokigami. Jedwabie zastąpiono dekoracjami papierowymi (koki), przedstawiającymi zwierzęta lub mityczne istoty. Wielka popularność kokigami przypada na  połowę okresu Heian (794-1185). Wciąż jednak falliczne origami było zarezerwowane dla arystokracji. Dopiero spadek ceny papieru w XVIII w. sprawił, że kokigami zyskało popularność wśród wszystkich warstw społeczeństwa japońskiego.

W ostatnich latach kokigami wzbudziło zainteresowanie amerykańskich psychoterapeutów.
Oryginalnemu japońskiemu rękodziełu poświęcono książkę „KOKIGAMI - Performance Enhancing Adornments for the Adventurous Man” (Heather Busch i Burton Silver ) i stronę internetową – www.kokigami.com